Die Organe der Stiftung Jugendwerk bestehen aus dem Vorstand und dem Stiftungsrat. Der Vorsitzende des Stiftungsrats ist kraft Amtes der Oberbürgermeister der Stadt Reutlingen, dessen Mitglieder werden vom Reutlinger Gemeinderat berufen. Derzeit bilden neben dem Vorsitzenden, der Verwaltungsdezernent der Stadt Reutlingen, sieben Gemeinderäte/-innen und der Leiter des Jugendamtes beim Landkreis Reutlingen den Stiftungsrat. Der Reutlinger Jugendgemeinderat ist bei Personalentscheidungen beratend vertreten. Die Amtszeit ist an die Legislaturperiode des Gemeinderates der Stadt Reutlingen gekoppelt.

Die fachliche Begleitung wird von Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der Abteilung Jugend des Amtes für Schulen, Jugend und Sport geleistet.